Bagi peternak puyuh, terkadang masalah kotoran menjadi masalah. Jika tidak segera dibersihkan dapat mengganggu kesehatan puyuh, sebab akan menjadi suhu dalam ruangan (kandang) menjadi cukup panas dan menyebabkan pedih di mata.
Bagi puyuh, akan menjadikan snot atau mata melepuh dan membuat stres. Kondisi stres bagi puyuh menjadikan daya tahan tubuhnya melemah dan dengan mudah akan terkena penyakit yang datang.
Bagi lingkungan, aroma yang menyengat jelas akan mengganggu. Protes dari tetangga jelas akan terjadi, selain mengganggu kenyamanan pribadi (bagi peternak yang tinggal tidak jauh dari kandang) itu pasti.
Pada banyak kawasan peternak puyuh sudah memiliki langganan yang akan membeli kotoran yang sudah terkumpul tersebut. Kotoran puyuh memiliki nilai ekonomis dengan dijual pada petani sayur, tembakau, padi maupun para peternak ikan nila maupun lele.
Di kawasan tempat saya beternak puyuh, masih cukup diuntungkan dengan banyaknya peternak ikan nila. Mereka adalah pasar potensial bagi kotoran puyuh ini.
Oleh para peternak ikan nila, kotoran puyuh akan ditebar pada kolam pembibitan sebelum dilakukan penebaran benih ikan nila. Hal ini dilakukan dengan harapan akan menghasilkan pakan alami berupa plankton dan sejenisnya. Sehingga juga akan mengurangi biaya produksi (pembelian) pakan.
Antara peternak puyuh dan peternak ikan nila memang terdapat hubungan mutualisme (saling menguntungkan). Peternak puyuh diuntungkan dengan berkurangnya sumber penyakit dan bagi peternak ikan akan mendapatkan keuntungan berupa minimnya biaya produksi (pembelian pakan).
Selain itu, kotoran puyuh juga dapat digunakan sebagai pupuk organik. Menurut beberapa penelitian yang dilakukan oleh Laboratorium Kimia Balai Penelitian Tanah Bogor, kandungan C-Organik pada kotoran puyuh mencapai 17,6%. Ini merupakan kandungan C-Organik tertinggi dibandingkan dengan kotoron ternak (unggas) yang lainnya.